Un laboratoire de niveau 2 (L2) permet d'effectuer des expérimentations avec des agents biologiques présentant un risque de maladie chez l'homme dont la propagation est peu probable. Il existe un L2 au sein de l'hôpital et un autre au sein de la faculté de Médecine. Maintenus en dépression et précédés d'un double sas en surpression, ces 2 L2 sont constitués d'une pièce de travail en dépression, de filtres HEPA et d'hottes PSM de type II qui permettent d'assurer la manipulation de :

• micro-organismes non génétiquement modifiés de classe 2 (qui peuvent provoquer des maladies chez l'homme mais dont la dissémination dans l'environnement est peu probable, qui sont sans risque pour la collectivité et contre lesquels une prophylaxie ou des traitements efficaces sont connus).
• micro-organismes génétiquement modifiés de classe 2 dans lesquels les vecteurs ou les séquences clonées n'augmentent pas la classe de risque.
• micro-organismes non pathogènes ou de classe 1 génétiquement modifiées portant soit des gènes codant pour des protéines ayant un pouvoir pathogène limité, soit des fragments importants de génome de micro-organismes de classe 2, Ea2 ou Ep2.
• cellules animales exprimant un virus de la classe 2 ou Ea2. 
• cellules animales abritant des vecteurs d'expression qui contiennent des gènes codant pour des protéines ayant un pouvoir pathogène limité ou des fragments de génomes humains ou animaux inconnus ou des fragments importants de génomes de micro-organismes de classe 2 ou Ea2.
• cellules végétales et plantes transgéniques produisant des virus de classe Ep2.

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