Certaines expérimentations nécessitent un niveau de confinement de niveau 3 (L3) pour les agents biologiques pathogènes pour l'homme avec une propagation possible. Ce type d'équipement L3 possède un mode de fonctionnement sécurisé, notamment avec la filtration absolue de l'air rejeté à l'extérieur, et permet d'assurer en toute sécurité la purification de virus, leur conservation ou l'observation de cellules infectées par :

• les micro-organismes non génétiquement modifiés de classe 3 (ayant un pouvoir pathogène important chez l'homme mais présentant un risque mineur pour la collectivité et contre lesquels une prophylaxie ou des traitements efficaces sont connus).
• les micro-organismes génétiquement modifiés de classe 3 dans lesquels les vecteurs ou les séquences clonées n'augmentent pas la classe de risque.
• les micro-organismes non pathogènes ou de classe 2 génétiquement modifiés portant soit des gènes codant pour des protéines ayant un pouvoir pathogène important pour l'homme, soit des fragments importants de génomes de micro-organismes de classe 3 ou Ea3.
• les cellules animales exprimant des virus de classe 3 ou Ea3.
• les cellules animales abritant des vecteurs d'expression qui contiennent des gènes codant pour des protéines ayant un pouvoir pathogènes pour l'homme ou des fragments importants de génomes de micro-organismes de classe 3 ou Ea3.
• les cellules végétales et plantes transgéniques produisant des virus de classe Ep3.