Les missions des Centres nationaux de référence (CNR) sont définies par le décret n° 20126-806 du 16 juin 2016 ainsi que par l’arrêté du 2 mars 2022 fixant le cahier des charges des CNR pour la lutte contre les maladies transmissibles. Les missions s’articulent autour de 4 axes principaux : l’expertise, le conseil, la contribution à la surveillance épidémiologique et l’alerte.

1. L'expertise

Identification et caractérisation des souches

Les CNR assurent l’identification et la caractérisation des souches virales lorsque les techniques nécessaires ne sont pas disponibles dans les laboratoires de biologie médicale. Les analyses courantes, telles que les identifications usuelles ou la recherche de marqueurs sérologiques ou moléculaires classiques, ne sont confiées aux CNR qu’à titre exceptionnel et peuvent alors faire l’objet d’une facturation.

Les CNR réalisent également une caractérisation génotypique et/ou phénotypique des agents pathogènes dont ils ont la charge, soit directement, soit en collaboration dans le cadre d’un réseau. L’expertise des CNR peut être sollicitée en urgence par les autorités sanitaires.

Maintien des techniques de diagnostic et/ou d’identification et de caractérisation des souches et gestion des ressources

Les CNR assurent la maîtrise des techniques de diagnostic, d’identification et de caractérisation des souches. Les CNR gèrent les échantillons biologiques ainsi que les bases de données associées, conformément aux dispositions du Code de la santé publique (article L. 1413-8), pendant toute la durée de leur mandat. 

Développement et validation des outils diagnostics

Les CNR participent au développement, à l’optimisation, à la validation et à la diffusion des techniques diagnostiques relatives aux agents pathogènes dont ils ont la charge. En cas d’émergence d’un agent pathogène nécessitant des mesures urgentes, les CNR peuvent être mobilisés pour développer ou valider rapidement des outils diagnostiques, à la demande du Ministère chargé de la santé.

Les CNR peuvent également assurer la mise à disposition de réactifs de référence lorsque ceux-ci ne sont pas disponibles. Par ailleurs, les activités incluent :

• L’évaluation de la sensibilité des agents pathogènes aux anti-infectieux et la définition des seuils de résistance ;
• L’évaluation des procédures d’inactivation des agents pathogènes ;
• Des actions d’information, de formation et la publication de guides techniques ;
• Un appui aux agences sanitaires et partenaires institutionnels dans le cadre d’évaluations de risque ou de mesures de gestion.

2. Le conseil

Les CNR exercent une mission de conseil auprès des professionnels de santé, du Ministère chargé de la santé, des agences régionales de santé, de l'Agence nationale de santé publique, ainsi que des autres agences de sécurité sanitaire, de la Haute Autorité de santé (HAS) et du Haut Conseil pour la santé publique (HCSP). Par ailleurs, les CNR contribuent à l'élaboration de mesures de prévention et de contrôle des maladies infectieuses et répondent aux demandes d'expertise ou à des enquêtes sanitaires.

3. La contribution à la surveillance épidémiologique

Les CNR participent activement à la surveillance des agents pathogènes dont ils ont la charge, en réalisant les analyses nécessaires, notamment la caractérisation de souches. Ils coordonnent un réseau de laboratoires correspondants et centralisent les résultats.
Les CNR contribuent à la collecte des données sociodémographiques, épidémiologiques et cliniques pertinentes (exposition, cas groupés, origine des infections, résistance aux anti-infectieux, modalité de prise en charge), en coordination avec l’Agence national de santé publique.

Les missions du CNR incluent également :

• La surveillance de la résistance aux anti-infectieux ;
• La détection et l’investigation des infections associées aux soins en lien avec les Centres d'appui pour la prévention des infections associées aux soins (CPIAS), l'Agence nationale de santé publique et les agences régionales de santé (ARS) ;
• L’étude de la couverture immunitaire des populations protégées ou non par un ou plusieurs vaccins et de son évolution ;
• La participation à l’investigation des phénomènes épidémiques ;
• La contribution aux réseaux de surveillance internationaux, notamment européens ;
• La réalisation d’enquêtes ponctuelles à la demande des autorités sanitaires.

4. L’alerte

Les CNR ont pour mission de signaler sans délai tout évènement susceptible de représenter un risque pour la santé publique à l’Agence nationale de santé publique, à la Direction générale de la santé (DGS) et, le cas échéant, aux ARS concernées.

Ces alertes peuvent concerner :

• Une augmentation inhabituelle du nombre de cas ou cas groupés ;
• L’identification d'un agent pathogène émergent, rare ou présentant une mutation pouvant lui conférer un avantage sélectif ;
• L’apparition de nouvelles formes cliniques ou de pathologies dans de nouvelles populations ;
• Des événements similaires survenant dans des pays étrangers.

Pour mener à bien leurs missions, les CNR peuvent s’appuyer sur un ou plusieurs laboratoires associés dont ils coordonnent les activités.
Les rapports annuels d’activité permettent de rendre compte de l’ensemble des travaux réalisés dans ce cadre.

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