Le Centre National de Référence (CNR) virus des hépatites B, C et delta joue un rôle central face à un enjeu majeur de santé publique. Les hépatites virales chroniques touchent plus de 300 millions de personnes dans le monde et sont associées à un risque élevé de cirrhose, de cancer du foie, ainsi qu’à une transmission persistante. Dans ce contexte, les axes prioritaires de l’activité du CNR reposent sur l’amélioration du dépistage, du diagnostic, de la surveillance virologique et de l’expertise apportée auprès des professionnels ainsi qu’aux autorités sanitaires.

Le CNR, à travers ses 2 laboratoires, bénéficie d’équipements technologiques de pointe, incluant une plateforme automatisée de sérologie infectieuse, une plateforme de biologie moléculaire et séquençage dédiée aux maladies infectieuses. De plus, Le CNR-Laboratoire coordonnateur assure une activité continue 24 heures sur 24 et 7 jours sur 7 afin de répondre aux urgences virologiques et de réaliser la qualification virologique des donneurs d’organes, cellules et tissus. Cette organisation confère eu CNR une expertise reconnue, une grande capacité d’adaptation et une réactivité maximale face aux situations imprévues.
Une présentation synthétique des différentes activités menées en 2025 par le CNR virus des hépatites B, C et delta est présentée ci-dessous. Pour une description plus détaillée de ces activités, le rapport des activités 2025 est disponible ici .  

1. Activité d’expertise dans les domaines des outils de diagnostic et de typage

1.1 Évaluation des techniques, réactifs et trousses

En 2025, les activités de diagnostic et de suivi thérapeutique des malades atteints d’hépatites virales ont essentiellement consisté en (i) l’évaluation analytique et clinique de tests pour la détection des marqueurs sérologiques des hépatites B et C ; (ii) la détection et la quantification de l’ARN du VHD ; (iii) la détection des marqueurs virologiques du VHD à partir de spot de sang séché sur papier buvard et (iv) la mise au point d’un test d’infection récente (TIR) pour le VHC (Tableau n°1).

Tableau n°1. Evaluation des plateformes et des trousses effectuée en 2025

1.2 Techniques transférées vers d’autres laboratoires

Le laboratoire coordonnateur a dispensé une formation au prélèvement de sang capillaire sur papier buvard (spot de sang séché) à destination des personnels du CSAPA “Intervalle“ de Villeneuve-Saint-Georges, ainsi que du service d’hépatologie des Hôpitaux Universitaires Henri Mondor.

Le laboratoire associé, par l’intermédiaire de la formation dispensée au docteur Kim (hépatologue), a contribué à la mise en place de la sérologie du VHD à Phnom Penh.

1.3 Collection de matériel biologique

1.3.1 CNR - Laboratoire coordonnateur

Les collections de matériel biologique concernent principalement des échantillons de sang total collectés sur papier buvard des centres médico-sociaux (CSAPA, CAARUD) et des unités de consultation et de soins ambulatoires (UCSA) en milieu pénitentiaire. Elles incluent également des échantillons sériques ou plasmatiques dans le cadre de demande issue de laboratoires ou de services cliniques répartis sur l’ensemble du territoire national. Au total, 147 buvards et 935 échantillons sanguins (plasma ou sérum) ont été collectés au cours de l’année 2025. 
Une biothèque spécifique consacrée aux donneurs d’organes, tissus et cellules dans le cadre de la qualification virologique des donneurs est constituée depuis 2000. Cette biothèque contient aujourd’hui plus de 47 000 échantillons, dont 1 727 collectés en 2025. Dans le cadre de l’hémovigilance et de la surveillance des donneurs de sang positifs pour les marqueurs VHB ou VHC, 355 échantillons ont été reçus au laboratoire en 2025 : 43 échantillons plasmatiques dans le cadre de l’hémovigilance et 312 échantillons plasmatiques dans le cadre de la surveillance des donneurs de sang.

1.3.2 CNR - Laboratoire associé

La collection des souches VHD du laboratoire associé a débuté à la fin des années 1990. Elle a pour objectif de recenser de manière exhaustive la diversité génétique des souches de VHD circulant chez l’homme. L’ensemble des échantillons fait l’objet d’un génotypage. Pour 595 prélèvements, le génotype VHB est également disponible. Des données associées sont recueillies, notamment le pays de naissance, l’âge et le sexe.

Les prélèvements de la collection proviennent de deux sources principales :

• Activité de routine du laboratoire d’Avicenne et de ses partenaires : un aliquote de sérum ou de plasma est conservé pour tout nouveau patient diagnostiqué VHD avec infection active.
  Depuis 2024, une charte de collaboration a été mise en place avec les laboratoires de virologie français réalisant la quantification de l’ARN du VHD en routine. Les envois sont organisés et pris en charge par le laboratoire associé.
• Projets de recherche avec constitution de biothèque : ces souches proviennent de collaborations nationales et internationales, établies dans le cadre de multiples projets de recherche menés depuis plus de 20 ans. 
  Au 31 décembre 2025, la collection VHD comprenait 4 890 souches uniques avec un ajout de 310 nouvelles souches et séquences en 2025.

1.4 Activités d’expertise

1.4.1 CNR - Laboratoire coordonnateur 

Au total, le nombre d’échantillons biologiques envoyés au laboratoire coordonnateur au cours de l’année 2025 était de 935, correspondants à 1 534 analyses réalisées (Tableau n°2), en augmentation de 30,8% par rapport à 2024. Ces échantillons provenaient essentiellement de centres hospitaliers publiques ou de laboratoires de biologie privés (Cerba), ainsi que de structures médico-sociales d’addictologie (CSAPA, CAARUD, UCSA). Dix-sept structures médico-sociales prenant en charge des individus ayant une problématique addictive ont établi une convention avec le laboratoire coordonnateur. 

Tableau n°2. Analyses virologiques réalisées en 2025 par le laboratoire coordonnateur

1.4.2 CNR - Laboratoire associé

Le nombre d’échantillons biologiques envoyés au laboratoire associé delta au cours de l’année 2025 était de 44 correspondants à 44 analyses biologiques réalisées (Tableau n°3).

Tableau n°3. Analyses virologiques réalisées en 2025 par le laboratoire associé

Le laboratoire associé a organisé un contrôle national de qualité (CNQ) portant sur le diagnostic moléculaire de l’infection par le VHD. L’objectif principal était d’évaluer les performances des laboratoires français pour la détection/quantification de l’ARN du VHD. 

La principale nouveauté en 2025 a été l’introduction d’un échantillon faiblement positif. Celui-ci a été testé à 5 reprises au laboratoire, avec 5 résultats positifs, pour une charge virale moyenne de 33 UI/mL. Cet échantillon constituait un véritable défi pour les laboratoires participants, les seuils de détection et de quantification des techniques actuelles se situant généralement entre 10 et 100 UI/mL.

2. Contribution à la surveillance épidémiologique

La surveillance des types viraux en France et la détection des virus mutants émergents susceptibles de poser des difficultés diagnostiques, de prise en charge thérapeutique ou d’échappement à la vaccination pour le VHB seront assurées conjointement par les 2 laboratoires dans leurs domaines de compétences respectives. Les plateau techniques des laboratoires offrent la possibilité de réaliser très rapidement et à grande échelle les tests sérologiques vis-à-vis des virus des hépatites B, C et delta, la recherche et la quantification de la charge virale (ADN du VHB, ARN du VHC et ARN du VHD), la détermination du génotype, l’identification des mutations de résistance du VHB et du VHC aux antiviraux directs, l’analyse de la séquence de n’importe quelle région du génome viral ainsi que des analyses phylogéniques et statistiques.

2.1 CNR – Laboratoire coordonnateur

Le laboratoire coordonnateur a participé en 2025 à différentes études ou enquêtes ayant contribué à la surveillance épidémiologique (Tableau n°4). Celle-ci s’est focalisée sur la surveillance des virus d’hépatites (et du VIH) dans les structures médico-sociales d’addictologie (CSAPA/CAARUD), la surveillance des patients nouvellement pris en charge pour leur hépatite chronique B (delta) à partir des Centres Experts (FPRH) et des Centres Hospitaliers Généraux (ANGH), la cartographie des génotypes et sous-types du VHC à partir des services hospitaliers de Virologie et d’Hépato-Gastroentérologie et sur la surveillance de la résistance du VHC aux AAD et du VHB aux analogues nucléos(t)idiques. L’activité de surveillance s’est également intéressée à la surveillance virologique des donneurs de sang.

Tableau n°4. Etudes épidémiologiques effectuées en 2025 par le laboratoire coordonnateur

2.2 CNR - Laboratoire associé

La surveillance épidémiologique s’est focalisée sur l’étude de la diversité génétique des souches delta circulantes (Tableau n°5).

Tableau n°5. Études épidémiologiques effectuées en 2025 par le laboratoire associé

3. Contribution à l’alerte

Le CNR virus des hépatites B, C et delta contribue à l’alerte en signalant à l’agence nationale de santé publique tout évènement sanitaire inhabituel (suspicion de cas groupés, émergence d’une souche particulière, forme clinique inhabituelle …). La transmission des résultats à SpF se fait via l’adresse suivante : noa-signalement@santepubliquefrance.fr

3.1 CNR – Laboratoire coordonnateur

Au cours de l’exercice 2025, aucun signal d’alerte n’a été détecté, à l’exception d’une suspicion de transmission du VHB. Toutefois, les génotypes des souches VHB étant différent, l’hypothèse d’une transmission dans le cadre des soins a été écartée.

CNR – Laboratoire associé

Le laboratoire associé a été alerté par des laboratoires de biologie médicale publics ou privés à propos de défauts de trousses commerciaux ou maisons pour la détection/quantification de l’ARN VHD. Des résultats discordants de charge virale VHD sont régulièrement transmis pour expertise. La quantification de l’ARN du VHD est essentielle pour évaluer l’efficacité des traitements antiviraux, tant dans les essais cliniques que dans le suivi des patients en pratique clinique. Lors des récents séminaires Deltacure (organisés par le réseau HDIN – Hepatitis Delta International Network), la question des performances analytiques, notamment de la sensibilité des différents tests de quantification de l’ARN VHD disponibles dans les différents pays, a été largement discutée. Des actions ont été menées pour la trousse Eurobioplex (Tableau n°6).

Tableau n°6. Description de l’alerte et réponse apportée par le laboratoire 

4.  Activités de conseil, formation et information 

Le CNR virus des Hépatites B, C et delta poursuit la formation destinée aux personnels de santé comme en témoigne le nombre de conférences nationales et internationales sur invitation (18 en 2025), ainsi que les nombreuses publications nationales et internationales (31 en 2025). Les laboratoires continuent d’accueillir des doctorants et des stagiaires francophones ou non afin de leur dispenser une formation de haut niveau aux techniques de laboratoire incluant les techniques sérologiques et de biologie moléculaire.

5. Description des démarches qualité et garanties mises en œuvre au sein des laboratoires

Un effort important a été et sera consacré à l’accréditation du laboratoire coordonnateur et du laboratoire associé. L’ensemble des analyses utilisées pour le dépistage et le diagnostic des infections par le VHB, VHD et le VHC sont accréditées par le COFRAC selon la Norme NF EN ISO 15189 : 2012, sous le numéro 8-3372 rév 13. Le DMU de Biologie-Pathologie a été audité par le COFRAC (mars 2023), et l’accréditation du laboratoire de virologie a été renouvelée sur l’ensemble des analyses entrant dans le cadre de l’activité du laboratoire de biologie moléculaire jusqu’en 2028. Les laboratoires coordonnateur et associé participent aux programmes d’évaluation externe de la qualité proposés par le CTCB (Centre toulousain pour le contrôle de qualité en biologie clinique) et le QCMD (Quality Control for Molecular Diagnostics). De plus, le laboratoire associé organise chaque année, à destination des laboratoires français, un contrôle national de qualité de biologie moléculaire.

6. Travaux de recherche du CNR

Les thématiques de recherche dans les domaines d’expertise des laboratoires coordonnateur et associé se répartissent en 3 axes complémentaires qui couvrent largement les champs de la virologie des hépatites virales, de l’investigation technologique à la recherche clinique et translationnelle. Ces axes sont l’expertise technologique (développement, standardisation et évaluation des performances des tests et nouvelles technologies), l’épidémiologie moléculaire (surveillance des types circulant, études interventionnelles de santé publique), et la recherche clinique et translationnelle (variabilité génétique, mécanisme de résistance aux antiviraux).

Axe 1 : Expertise technologique. Le développement, la standardisation, l’évaluation des performances intrinsèques et des indications des tests virologiques ont donné lieu à des publications en 2025, et ce dans des journaux à fort facteur d’impact (Diagnostic Microbiology and Infectious Disease, Journal of Antimicrobial Therapy, …).

Axe 2 : Épidémiologie moléculaire. Les laboratoires hospitaliers sont le “partenaire privilégié“ de l’agence nationale de santé publique (SpF) à travers les enquêtes permettant l’évaluation des données de prévalence et d’incidence des hépatites virales dans la population générale ou dans certaines populations particulières à l’aide d’outils virologiques tels que les buvards (spots de sang séché) ou des tests rapides immunologiques ou moléculaires (biologie délocalisée). Un accent tout particulier est mis sur le développement de projets de micro-élimination des hépatites virales.

Axe 3 : Recherche clinique et translationnelle. L’échec thérapeutique et la résistance du VHB, du VHC et du VHD aux antiviraux constituent l’une des principales thématiques du laboratoire et de l’équipe INSERM, qui accueille les membres du CNR coordonnateur et associé, à la fois dans ses aspects cliniques et plus fondamentaux, avec un intérêt tout particulier pour les mécanismes sous-tendant l’efficacité et l’échec thérapeutique et le rôle de la résistance antivirale dans l’échec thérapeutique. Sur le plan plus fondamental, le laboratoire s’intéresse également au développement de nouvelles approches thérapeutiques à large spectre et aux mécanismes des lésions hépatiques, à l’aide de différents modèles murins et transgénique et de modèles cellulaires. On peut également souligner un axe de recherche à propos des infections VHB occultes. Les thématiques de recherche dans les domaines d’expertise du laboratoire associé se focalisent essentiellement sur la caractérisation des souches virales sur le plan moléculaire d’une part, et de préciser l’origine du VHD (horloge moléculaire) d’autre part. Un axe également important est le rôle du VHD dans la progression de la maladie hépatique.