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Les activités de détection
et quantification virales


La détection, généralement associée à la quantification des génomes viraux (ADN ou ARN du virus) constitue un élément essentiel du diagnostic direct en virologie. En effet, la présence du génome viral signe la multiplication du virus au niveau de son ou de ses organe(s) cible(s). Les méthodes de détection et de quantification des génomes viraux sont principalement fondées sur l'amplification de la cible (PCR pour "polymerase chain reaction" ou TMA pour "transcription-mediated amplification") ou sur l'amplification du signal (bDNA pour "branched DNA").

Analyses biologiques disponibles

La détection et la quantification des ARN ou des ADN viraux sont réalisées à l'aide de techniques automatisées.

ANALYSE

INDICATION

AUTOMATE

REACTIF




Détection-quantification de l’ADN du VHB (mesure de la charge virale)



Diagnostic et suivi de l’hépatite chronique B

Suivi thérapeutique de l’hépatite chronique B


GeneXpert


Cepheid ref.MADGXHBV-VL-CE-10


Cobas


Roche ref.4894570190


m2000


Abbott ref.2G3490





Détection-quantification de l’ARN du VHC (mesure de la charge virale)


Diagnostic et suivi de l’hépatite aiguë ou chronique C



Suivi thérapeutique de l’hépatite chronique C


m2000


Abbott ref.4J8690


GeneXpert


Cepheid ref.MADGXHCV-VL-CE-10


Cobas


Roche ref.5532264190



Détection-quantification de l’ARN du VIH (mesure de la charge virale)


Diagnostic de l’infection par le VIH


Suivi thérapeutique de l’infection par le VIH


Cobas


Roche ref.5212294190


GeneXpert


Cepheid ref.MADGXHIV-VL-CE-10


Détection-quantification de l’ARN du VHE (mesure de la charge virale)


Diagnostic des hépatites aiguës ou chroniques E


m2000


Altona ref.271013




Détection-quantification de l’ADN du CMV sur sang total (mesure de la charge virale)


Diagnostic de la primo-infection CMV

Diagnostic de réactivation CMV

Suivi thérapeutique de l’infection par le CMV





Rotor-Gene Q





Qiagen ref.4503363



Détection-quantification de l’ADN de l’EBV sur sang total (mesure de la charge virale)


Diagnostic de réactivation EBV

Diagnostic de lymphoproliferation liée à l’EBV

Suivi thérapeutique de l’infection par l’EBV





Rotor-Gene Q





Qiagen ref.4501363


Détection-quantification de l’ADN du virus BK sur urines ou sang total (mesure de la charge virale)


Suivi de greffés rénaux Diagnostic étiologique des cystites hémoragiques



Rotor-Gene Q



Qiagen ref.4514363


Détection-quantification de l’ADN du virus HHV6 sur sang total (mesure de la charge virale)


Diagnostic étiologique des fièvres/encéphalites de l’immunodéprimé



Rotor-Gene Q



Elitech ref.RTS036PLD


Détection qualitative de l’ADN d’HSV-1 et HSV-2


Diagnostic étiologique des encéphalites (HSV-1) et méningites (HSV-2)



StepOnePlus



Biomérieux ref.69-004B


Détection qualitative de l’ADN du VZV


Diagnostic étiologique des lésions vésiculeuses Diagnostic étiologique des méningites virales



StepOnePlus



Biomerieux ref.69-004B


Détection qualitative de l’ARN des Entérovirus


Diagnostic étiologique des méningites virales


GeneXpert


Cepheid ref.MADGXEV-100N-10


Détection qualitative de l’ADN d’HHV6 hors sang total (autres prélèvements)


Diagnostic étiologique des fièvres/encéphalites de l’immunodéprimé



Rotor-Gene Q



Elitech ref.RTS036PLD



Détection qualitative de l’ADN d’HHV8


Diagnostic étiologique de la maladie Kaposi, des lymphomes des séreuses, de la maladie de Castelman




Rotor-Gene Q




Elitech ref.RTS038PLD




Détection qualitative de l’ADN du Parvovirus B19


Diagnostic de la primo-infection a parvovirus B19

Diagnostic étiologique d’anémie chez les patients immunodéprimés Diagnostic étiologique d’anémie chez les patients atteints d'hémoglobinopathie





Rotor-Gene Q





Elitech ref.RTS070PLD



Détection qualitative de l’ADN des Adénovirus

Diagnostic étiologique des gastroentérites et des pneumopathies d’allure virale

Diagnostic étiologique des infections sévères chez le patient immunodéprimé




StepOnePlus




Biomérieux ref.69-010B


Détection qualitative de l’ARN du virus
Zika


Diagnostic étiologique d’une virose au retour de région d’endémie


Rotor-Gene Q


Altona ref.591013


Détections qualitatives multiples des génomes de virus respiratoires : virus respiratoire syncitial, metapneumovirus humain, rhinovirus/enterovirus, adenovirus, coronavirus, virus parainfluenza, virus influenza A (H1N1, H3N2) et B



Diagnostic étiologique des pneumopathies viral aiguës




Filmarray




Biomérieux
ref. RFIT-ASY-0136

 


Détection qualitative de l’ARN du virus influenza (grippe) A







Diagnostic étiologique des pneumopathies viral aiguës


GeneXpert


Cepheid ref.MADGXFLU/RSV-CE-10


Détection qualitative de l’ARN du virus influenza (grippe) B


GeneXpert


Cepheid ref.MADGXFLU/RSV-CE-10


Détection qualitative de l’ARN du virus respiratoire syncitial


GeneXpert


Cepheid ref.MADGXFLU/RSV-CE-10


PCR qualitative Norovirus


Suspicion Gastroenterite virale


GeneXpert


Cepheid ref.MADGXNOV-CE-10

 

Équipements

Le laboratoire de Virologie dispose de plusieurs automates dédiés à la détection et à la quantification des génomes viraux :

  • 1 extracteur/thermocycleur PCR "en temps réel" DxN VERIS (Beckman)
  • 1 extracteur/thermocycleur PCR "en temps réel" Panther (Hologic)
  • 1 extracteur automatique d'acides nucléiques COBAS AmpliPrep (Roche)
  • 1 extracteurs automatique d'acides nucléiques m2000SP (Abbott)
  • 3 extracteurs QIAsymphony SP/AS (Qiagen)
  • 1 thermocycleur pour PCR "en temps réel" COBAS Taqman 96 (Roche)
  • 1 thermocycleur pour PCR en temps réel m2000RT (Abbott)
  • 1 thermocycleur pour PCR en temps réel ABI7300 (Applied Biosystems)
  • 2 thermocycleurs pour PCR en temps réel StepOnePlus (Applied Biosystems) 
  • 2 Rotor-Gene Q (Qiagen)
  • 1 Filmarray (BioMérieux)
  • 2 thermocycleurs ABI GENEAMP 2720 (Applied Biosystems) 
  • 2 thermocycleurs Veriti (Applied Biosystems)