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Les activités de caractérisation
des génomes viraux


Analyses disponibles

La caractérisation des séquences génomiques virales est réalisée à l'aide de méthodes manuelles, semi-automatisées et automatisées :

ANALYSE

INDICATION

METHODE

REACTIF



Génotypage du VHB


Recherche Clinique

Epidémiologie moléculaire


Séquençage de la région codant l’AgHBs


Protocole CNR


Génotypage de résistance du VHB aux antiviraux


Caractérisation de l’échec thérapeutique des analogues de nucléosides/nucléotides


Séquençage de la région codant la transcriptase inverse



Protocole CNR


Détermination du génotype et du sous-type du  
VHC


Bilan pré-thérapeutique des hépatites C


Hybridation sur bandelette


Siemens ref.6719382


Génotypage de résistance du VHC aux antiviraux


Caractérisation de l’échec thérapeutique des régimes fondés sur les antiviraux à action directe


Séquençage des régions codant les protéines NS3, NS5A et NS5B



Protocole CNR


Génotypage de résistance du VIH aux antirétroviraux


Caractérisation de l’échec thérapeutique des antirétroviraux



ViroSeq


Abbott ref.4J9493



Caractérisation de la séquence de l’intégrase


Orientation de la décision thérapeutique

Caractérisation de l’échec thérapeutique des inhibiteurs d’intégrase




ViroSeq




Abbott ref.4J9471


Équipements

Le matériel permettant la caractérisation de la séquence des génomes viraux est partagé entre le laboratoire de Virologie et la plateforme génomique (séquençage Sanger et next-generation sequencing (NGS)), et comprend les équipements suivants :

  • 1 automate d'analyse des hybridations inverses AUTOBLOT 3000 (Siemens)
  • 1 Auto-LiPA 48 (Innogenetics)
  • 3 séquenceurs automatiques capillaires ABI PRISM 3100 (Applied Biosystems)
  • 1 GS FLX + (Roche - 454 Sequencing)
  • 1 MiSeq DX (Illumina)
  • 2 NextSeq 500 (Illumina)
  • 1 Ion Proton (Life Technologie)
  • 1 Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies)
  • 3 thermocycleurs Veriti (Applied Biosystems)
  • 1 CASY TT (Roche Diagnostics)
  • 1 TissueLysser (Qiagen)