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Les activités du
Centre National de Référence


L'activité du CNR des Hépatites Virales B, C et Delta se répartit en 3 axes complémentaires qui couvrent largement les champs de la virologie des hépatites, de l'investigation technologique à la recherche clinique et translationnelle.

Ces axes sont :

  • Expertise technologique : Développement, standardisation et évaluation des performances intrinsèques, des indications des tests et des nouvelles technologies virologiques à visée diagnostique et de suivi thérapeutique des hépatites virales chroniques.
  • Epidémiologie moléculaire : Epidémiologie moléculaire et surveillance des virus des hépatites B, C et delta.
  • Recherche clinique et translationnelle : Etude de la variabilité génétique naturelle et associée à la chimiothérapie antivirale des virus des hépatites B et C, avec un intérêt tout particulier pour les mécanismes sous-tendant l'efficacité et l'échec thérapeutique et le rôle de la résistance antivirale dans l'échec thérapeutique. Sur le plan plus fondamental, le laboratoire s'intéresse également au développement de nouvelles approches thérapeutiques antivirales à large spectre et aux mécanismes des lésions hépatiques associées ou non à l'infection par le VHC, à l'aide de modèles murins et transgéniques et de modèles cellulaires.

Expertise

Au cours de la dernière décennie, le CNR a mené différentes activités d'expertise.

Activité d'expertise dans le domaine des outils de diagnostic et de typage

Plusieurs évaluations de tests virologiques à visée diagnostique pour le VHC et le VHB ont été conduites en partenariat avec les industriels qui les développent. Ces évaluations ont concerné les techniques de biologie moléculaire adaptées à la détection et/ou la quantification de l'ARN du VHC et de l'ADN du VHB par PCR ou TMA en temps réel, ainsi que des techniques de typage des génomes viraux par hybridation inverse ou séquençage visant à identifier le génotype et le sous-type viral ou des mutations de résistance après analyse des séquences nucléotidiques (méthodes de séquençage direct, séquençage à haut débit).

Sont présentés ci-après quelques exemples récents de travaux réalisés dans la cadre des missions du CNR :

Performances des tests rapides pour la détection des anticorps anti-VHC à partir de sang total capillaire ou de liquide craviculaire

Au total, 531 individus ont été recrutés sur une période de 14 mois (septembre 2012 - novembre 2013) dans 2 centres [service d'Hépatologie et de Gastroentérologie, hôpital Henri Mondor, service d'Hépatologie et de Gastroentérologie, Centre Hospitalier Intercommunal de Créteil (CHIC)]. Dix-huit patients ont été exclus [16 individus AgHBs positifs, 2 individus séropositifs pour le VIH]. Quatre TROD ont été réalisés chez chacun des sujets : 1 test rapide à partir du liquide craviculaire [OraQuick® HCV Rapid Antibody Test (OraSure Technologies, Inc,)] et 3 tests à partir du sang total capillaire prélevé au bout du doigt après auto-piqûre [(OraQuick® HCV Rapid Antibody Test, TOYO® anti-HCV (TÜRKLAB TIBBI MALZEMELER SAN. TIC. A.S., Turquie) et Labmen® HCV test (TÜRKLAB TIBBI MALZEMELER SAN. TIC. A.S., Turquie)].

 

Spécificité

Sensibilité

Sang total capillaire

OraQuick® HCV Rapid Antibody Test

100%

99,4%

Toyo® anti-HCV test

98,8%

95,8%

Labmen® HCV test

100%

63,1%

Liquide craviculaire

 

 

OraQuick® HCV Rapid Antibody Test

100%

97,6%

 

Les tests OraQuick et Toyo ont démontré des performances analytiques satisfaisantes en termes de spécificité et sensibilité, avec un avantage au test OraQuick. Ces tests sont une alternative intéressante pour la détection des anticorps anti-VHC dans des populations à risque d'infection pour le VHC. Néanmoins cette étude montre l'importance de l'évaluation de ces tests avant leur utilisation en pratique clinique (Chevaliez et al., Clin Microbiol Infect 2016;22(5):459.e1-6).

Évaluation du papier buvard (dried blood spot, DBS) pour le dépistage, le diagnostic et le monitorage de l'infection par le VHC

Plus de 500 échantillons de sérum et de sang total ont été collectés chez 3 groupes de patients (170 patients séronégatifs pour le VHC, 26 patients ayant une infection guérie et 315 patients ayant une infection chronique). La détection des anticorps anti-VHC à partir du sang total déposé sur DBS était fiable après redéfinition d'une nouvelle valeur seuil (ratio signal/cutoff). Cette nouvelle valeur seuil était associée à une sensibilité de 99,1% et une spécificité de 98,2%. L'ARN du VHC était détecté chez la plupart des patients ayant une réplication virale, mais les valeurs de charges virales étaient significativement plus faibles que celles observées à partir du sérum (en moyenne 1,60 à 1,75 Log UI/mL inférieures selon le test moléculaire utilisé), suggérant que seule la présence ou l'absence d'ARN du VHC, ou les variations entre 2 valeurs, devaient être prises en considération. La détection-quantification de l'antigène de capside à partir du sang total déposé sur DBS manquait de sensibilité car seuls 64,1% des échantillons infectés étaient positifs. La détermination du génotype était correcte dans la grande majorité des cas.

Au total, cette étude a montré que le sang total recueilli sur buvard pouvait être utilisé en toute confiance pour le diagnostic et le suivi de l'infection par le VHC. Le DBS pourrait avoir une réelle utilité pour améliorer l'accès aux soins de populations éloignées des structures classiques de soins (Soulier et al., J Infect Dis 2016;213(7):1087-95).

Intérêts cliniques de la quantification de l'antigène de capside chez des patients atteints d'hépatite chronique C

L'antigène de capside a été proposé comme un marqueur indirect de la réplication virale. La détection et la quantification de l'antigène de capside peuvent être en théorie utilisées à la place des techniques de biologie moléculaire (diagnostic génomique viral, DGV) pour le diagnostic et le suivi de l'hépatite chronique C. En effet, l'antigène de capside du VHC peut être facilement détecté et quantifié à l'aide d'une méthode sérologique type CMIA (chemiluminescent microparticle immunoassay) sur l'automate Architect (Abbott). L'objectif de cette étude était d'évaluer les performances cliniques de la trousse Abbott (HCV Ag Architect) pour la détection et la quantification de l'antigène de capside chez des patients atteints d'hépatite chronique C infectés par un virus de génotype 1 à 6. La spécificité de la trousse HCV Ag Architect était de 100% (IC95% : 97,8%-100%). Les titres de l'AgC n'étaient pas influencés par le génotype du VHC. La limite de détection de 3 fmol/L correspondait approximativement à 1000 UI/mL d'ARN du VHC, et ce quelle que soit la trousse de PCR en temps réel utilisée (Abbott RealTime HCV et Cobas AmpliPrep/Cobas TaqMan HCV v2.0). Le titre de l'antigène de capside était positivement corrélé à la charge virale VHC (respectivement, r=0,89 and r=0,88 pour les trousses de PCR en temps réel Abbott RealTime HCV et CAP/CTM 2.0, p<0,001)

Au total, la trousse HCV Ag Architect était spécifique et le test facile à réaliser. Ce test pourrait représenter un outil de dépistage, de diagnostic et de suivi de l'infection, en particulier dans le contexte du développement des thérapeutiques antivirales sans interféron (Chevaliez et al., J Clin Virol. 2014;61(1):145-8).

Épidémiologie moléculaire

Le laboratoire hospitalier de virologie, en collaboration avec l'équipe de recherche INSERM, a développé tous les outils de typage moléculaire et d'analyse des génomes du VHB et du VHC (PCR, clonage, séquençage classique et séquençage à haut débit, analyses génétiques et phylogéniques) nécessaires à la réalisation d'études d'épidémiologie moléculaire, en particulier dans un contexte de cas groupés ou dans un contexte épidémique.

Les études ou enquêtes ayant contribué à la surveillance épidémiologique auquel le CNR a participé au cours des années 2012-2016 sont présentées dans le tableau:

Étude ou enquête

Objectif principal

Coquelicot

Prévalence du VIH et de l’hépatite C

Incidence du VIH et de l’hépatite C

Prevagay

Séroprévalence du VIH et des hépatites B et C auprès d’ hommes ayant des relations sexuelles avec des hommes (HSH) fréquentant les lieux de convivialité

BaroTest

Enquête nationale de dépistage des hépatites B et C et du VIH par auto-prélèvement à domicile

AfroBaromètre

Prévalence des hépatites B et C et du VIH au sein des populations africaine et caribéenne d’Ile-de-France

Résistance VHB

Prévalence de la résistance primaire aux analogues nucléos(t)idiques anti-VHB

VHE

Prévalence des marqueurs du VHE chez les donneurs d’organes, de tissus et de cellules


Contribution à l'alerte

L'investigation des cas isolés et des cas groupés de transmission du VHB et du VHC, en particulier dans un contexte de transmission nosocomiale de ces virus, est réalisée au CNR.

Recherche clinique et translationnelle

Le laboratoire développe de nombreuses activités de recherche. Sur le plan clinique, en collaboration avec le service d'Hépatologie de l'hôpital Henri Mondor, le laboratoire a mis en place et participe actuellement à des protocoles cliniques testant l'efficacité et la tolérance de nouvelles molécules pour le traitement de l'hépatite C. Ces molécules incluent des inhibiteurs de protéases, des analogues nucléosidiques ou nucléotidiques, des inhibiteurs non nucléosidiques de la polymérase du VHC, des inhibiteurs de la protéine NS5A de 2nde génération utilisés en combinaison.

L'échec thérapeutique et la résistance du VHB et du VHC aux molécules antivirales constituent une des principales thématiques du laboratoire et de l'équipe INSERM qui lui est associée, à la fois dans ses aspects cliniques et plus fondamentaux (étude des mécanismes moléculaires de l'efficacité et de l'échec des antiviraux). De nombreux travaux d'investigation ont été réalisés dans cette thématique, plus précisément une plate-forme phénotypique de caractérisation de la résistance du VHC et du VHB aux antiviraux a été mise en place (voir chapitre, Observatoire de le Résistance).